Jacopo da Pontormo fu un artista molto influente per il Manierismo del XVI secolo, e un precursore del successivo Barocco. La sua formazione gli diede un'ampia conoscenza dell'arte fiorentina influente al tempo, dato che ebbe come maestri Leonardo da Vinci (1452-1519), Mariotto Albertinelli (1474-1515), Piero di Cosimo (1462-1522) e soprattutto Andrea del Sarto (1486-1531). Il suo lavoro fu molto importante per il suo illustre alunno, il Bronzino (1503-1572).
Il ventaglio di influenze con cui si formò gli permise di raggiungere uno stile altamente individuale, che contribuì allo sviluppo del primo Manierismo, che avrebbe dominato il XVI secolo. A Firenze lavorava per la famiglia Medici, raggiungendo un ruolo di spicco già con i suoi primi lavori. Un ritratto del suo primo periodo, Ritratto di Cosimo il Vecchio, è quello del governante Cosimo de' Medici (1389-1464), e si trova agli Uffizi. Una delle sue prime opere, Leda e il cigno, mostra l'influsso dell'opera analoga di Leonardo. Tuttavia, l'opera è stata in alcuni casi attribuita al Sarto o a Perin del Vaga (1501-1547).
Of his other works now in the Uffizi are Portrait of a Woman with Splindes (1514), Portrait of a Musician (1518), Saint Anthony Abbot (1518), Madonna and Child with Saints (1520), Supper at Emmans (1525), Birth of Saint John (1526), Madonna and Child with the Young Saint John (1528), Martyrdom of Saint Maurice and the Theban Legion (1529) and another Medici portrait, Portrait of Maria Salviati, mother of Cosimo I.
Un altro lavoro molto noto, commissionato dai Medici, sono i meravigliosi affreschi nella villa di Poggio a Caiano, a Prato, che raffigurano Vertumno e Pomona. L'opera ci mostra la linea di discendenza ereditaria dell'arte fiorentina: il lavoro fu iniziato dal maestro di Pontormo, il Sarto, fu portata avanti dal Pontormo stesso, e terminata da Alessandro Allori (1535-1607), che si era formato presso il Bronzino, alunno del Pontormo. Nelle chiese di Firenze incontriamo molte opere a carattere religioso del Pontormo, tra cui Deposizione dalla croce e Annunciazione. I suoi ultimi lavori furono su commissione dei Medici, per gli affreschi nel coro della loro cappella nella basilica di San Lorenzo, a Firenze. Ne rimangono solo i disegni preparatori.
Conosciamo i suoi ultimi anni grazie alla dettagliata biografia di Giorgio Vasari (1511-1574), Le vite, ma anche da un diario dello stesso Pontormo. Ne viene fuori un artista malinconico, la cui opera riflette sia il suo genio appassionato che le sue sperimentazioni insolite. Il tutto è incarnato dalla sua forte capacità compositiva, contrastata dalle sue figure contornate e manieriste. L'esempio più lampante è la sua Deposizione dalla croce.